自分が使っている、ipad,iphone,ipod touch 用の設定です。 ffmpeg.exe は2009/02/18 1:47更新のものでやってます。

ご参考までにどうぞ。

[Item0]
Title=H.264 640x480(スレッド4クアッドコア用)
FileNameMax=59
Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -threads 4 -i "<%InputFile%>" -title "<%Title%>" -vcodec libx264 -coder 0 -bufsize 256k -g 250 -s 640x480 -r 29.97 -maxrate 800k -acodec libfaac -ac 2 -ar 48000 -ab 256k -f psp -vlevel 13 "<%TemporaryFile%>.mp4""
Command1=""<%AppPath%>\cores\NicMP4Box" -add "<%TemporaryFile%>.mp4" "<%OutputFile%>.mp4""
Command2="rm "<%TemporaryFile%>.mp4""
Command3=""<%AppPath%>\cores\AddiTunes" "<%OutputFile%>.mp4""

• 上述の方とは別の人です。
• iPod touch 4th 960x640 Retinaディスプレイ 用設定を作成したので貼ります。
• 解像度、ビットレート等、適宜変更してください。
  • ちなみに、映像ビットレートは8Mbpsまで再生確認しました(ただし動作を保障するものではありません)
• 環境：

  Windows7 64bit
  ffmpeg rev25860 (buildされたexe)
  iTunes 10.1.056
  iOS 4.2.1
  ffpresets\ (fpre用ファイル一式。ffmpegソースセットの中にある。本設定ではcores\に置く。下記コマンドのパスで参照できればどこでもよい)

• 設定

  [Item0]
  Title=H.264 4:3 640x480(4スレッド)
  Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -threads 4 -i "<%InputFile%>" -vcodec libx264 -aspect 4:3 -s 640x480 -r 29.97 -b 2000k -maxrate 2000k -acodec aac -strict experimental -ac 2 -ar 48000 -ab 192k -fpre "cores\ffpresets\libx264-hq.ffpreset" -fpre "cores\ffpresets\libx264-ipod640.ffpreset" "<%OutputFile%>.mp4"
  
  [Item1]
  Title=H.264 16:9 640x360(4スレッド)
  Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -threads 4 -i "<%InputFile%>" -vcodec libx264 -aspect 16:9 -s 640x360 -r 29.97 -b 2000k -maxrate 2000k -acodec aac -strict experimental -ac 2 -ar 48000 -ab 192k -fpre "cores\ffpresets\libx264-hq.ffpreset" -fpre "cores\ffpresets\libx264-ipod640.ffpreset" "<%OutputFile%>.mp4"
  
  [Item2]
  Title=H.264 4:3 852x640(4スレッド)
  Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -threads 4 -i "<%InputFile%>" -vcodec libx264 -aspect 4:3 -s 852x640 -r 29.97 -b 2000k -maxrate 2000k -acodec aac -strict experimental -ac 2 -ar 48000 -ab 192k -fpre "cores\ffpresets\libx264-hq.ffpreset" -fpre "cores\ffpresets\libx264-ipod640.ffpreset" "<%OutputFile%>.mp4"
  
  [Item3]
  Title=H.264 16:9 960x540(4スレッド)
  Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -y -threads 4 -i "<%InputFile%>" -vcodec libx264 -aspect 16:9 -s 960x540 -r 29.97 -b 2000k -maxrate 2000k -acodec aac -strict experimental -ac 2 -ar 48000 -ab 192k -fpre "cores\ffpresets\libx264-hq.ffpreset" -fpre "cores\ffpresets\libx264-ipod640.ffpreset" "<%OutputFile%>.mp4"